الدرس الخامس| كيف نحسن جودة ملفات قراءات الجينوم؟ (جانب نظري وعملي)

📈 مستوى الدرس: مبتدئ.

⏱ مدة الدرس التقريبية: ساعتين. 

💻 المتطلبات: أي واجهة أوامر على أي نظام.

💡 المخرجات المتوقعة:
1️⃣ فهم أهمية القص لتحسين جودة ملفات الFastq.

2️⃣ التعرف على أشهر الأدوات والفرق بينها.

    3️⃣ تعلم كيفية عمل أداة Trimmomatic، وفهم أهم خياراتها.

    4️⃣ تثبيت وتشغيل أداة Trimmomatic.

    5️⃣ طريقة إضافة اختصارات لملف Bashrc.

في هذا الدرس نتحدث عن كيفية تحسين جودة ملفات الـ Fastq عن طريق القص (trimming).

من المهم التأكد من جودة الملف قبل عمل أي شيء آخر. لأن وجود مشكلات في الملف قد تؤثر على أي مخرج يتم إنشاءه بواسىطة هذا الملف.

يمكن استخدام القص لـ:
♦ التخلص من القراءات ذات الجودة الضعيفة.

♦ التخلص من الـ primers and adapters والقراءات الملوثة.

-----------------------

في هذا الدرس تحدثنا عن أداة Trimmomatic. وهي أحد أكثر الأدوات استخداما لقص ملفات fastq.

لمتابعة هذا الدرس خطوة بخطوة، ننصح بتحمل الملفات التي تم التطبيق عليها عن طريق الـ SRA:

رمز الملف: SRR30893788

لتحميل الملفات بطريقة مباشرة، ننصح بمشاهدة هذا الدرس: الدرس الثاني | تثبيت البرامج والأداوت عن طريق واجهة الأوامر .