الدرس السادس| مطابقة قراءات الجينوم بالجينوم المرجعي (جانب نظري وعملي)

📈 مستوى الدرس: مبتدئ.

⏱ مدة الدرس التقريبية: ساعتين. 

💻 المتطلبات: أي واجهة أوامر على أي نظام.

💡 المخرجات المتوقعة:
1️⃣ فهم أهمية عملية الـ Mapping.

2️⃣ فهم الفرق بين عملية الـ mapping و De novo assembly.

          3️⃣ التعرف على مصادر تحميل الجينوم المرجعي للإنسان والفيروسات وباقي الكائنات. 

          4️⃣ التعرف على أشهر أدوات الـ Mapping والفرق بينها.

         5️⃣ تعلم كيفية عمل أداة BWA-MEM2، وفهم أهم خياراتها.

         6️⃣ تثبيت وتشغيل أداة BWA-MEM2.

         7️⃣ تحويل ملف SAM إلى BAM باستخدام أداة samtools.